Enligt vittnen har förövarna slitit bybor ut ur deras hem och skjutit dem direkt. Attackerna ser ut att ha varit koordinerade.
Enligt delstatens chefsminister Tarun Gogoi fanns det barn bland de döda.
– Detta är en av de mest barbariska attacker som vi sett på sistone och upprorsmännen har inte ens skonat spädbarn, säger han.
Polisen anklagar den olagliga och i huvudsak kristna separatiströrelsen NDFB, Bodolands nationella demokratiska front, som ansvarig för våldsdåden. Rörelsen har i årtionden krävt ett eget ”hemland”.