Dekretet utfärdades ett par dagar före presidentvalet den 16-17 juni och väckte stor ilska. Bara några veckor tidigare hade de förhatliga drygt 30 år gamla undantagslagar avskaffats som gav militären rätt att gripa civila.
Rättsaktivister och politiker vände sig till en förvaltningsdomstol i Kairo för att få dekretet ogiltigförklarat.
-Domstolen har blockerat justitiedepartementets beslut som gav militär och militära underrättelseofficerer arresteringsrätt, sade domaren Ali Fikry när domstolens beslut kungjordes på tisdagen.
Militärrådet ska inom kort lämna över regeringsmakten till den nyvalde presidenten Muhammad Mursi. Men det dekret som rådet antog före valet begränsade presidentens maktbefogenheter. En maktkamp väntas nu ta vid mellan generalerna och islamisterna som står bakom Mursi.
Förloraren i presidentvalet, militärernas kandidat Ahmed Shafiq, ska bilda ett politiskt parti, uppger hans valmaskineri. Shafiq vill bilda ett parti för de ”mer än 12,4 miljoner som röstade på honom med nästan 48,7 procent av rösterna”, heter det i ett uttalande.