Meteorologer berättar att översvämningarna är de värsta sedan mätningarna började för 120 år sedan.
Orsaken är att det under tre dagar kommit regnmängder i regionen motsvarande tre månaders nederbörd.
– Sådana regnmängder faller en gång på hundra år, säger Goran Mihajlovic på Serbiens Vädercenter till nyhetsbyrån AP.
Räddas med helikopter
I den bosniska staden Bijeljina evakuerades över 10.000 personer under lördagen efter översvämningar av floden Sava.
På vissa platser har vattnet stigit till övervåningarna på husen och människor har fått räddas med helikopter från taken på sina hem.
Staden Obrenovac tre mil söder om Belgrad ligger helt under vatten. Soldater var på lördagen på väg att rädda runt 700 personer, däribland många barn, som sökt sig till en grundskola som ligger högt.
Kraftverk hotas
I Serbien har räddningstjänst och soldater ryckt ut med både båt och helikopter för att rädda tusentals instängda i staden Obrenovac, nära Belgrad .
Även här har flera hundra människor tagit sin tillflykt till hustak undan stigande vattenmassor.
Serbiens största kraftverk hotas nu av vattenmassorna.
Översvämningarna ser ut att fortsätta under helgen. Premiärminister Aleksandar Vucic sa under en presskonferens att en ny flodvåg i floden Sava väntas söndag kväll.
Värsta på ett sekel
För att minska skadorna har tusentals frivilliga svarat på regeringens vädjan om att hjälpa till att bygga upp översvämningsskydd kring städerna längs Sava .
Sex drunknade personer hittades i Doboj i östra Bosnien och en i Samac i norr. Tidigare har fyra personer hittats döda i Bosnien och tre i Serbien.
Översvämningarna på Balkan är de värsta på över ett sekel.