Innan planet lyfte hölls en kort ceremoni på flygplatsen, med höga militärer från Ukraina och Nederländerna, utländska experter och ett 100-tal journalister närvarande. Också den nederländska ambassadören fanns på plats, enligt De Telegraaf.
Onsdagen har utlysts till en sorgedag i Nederländerna. Två tredjedelar av offren från MH17 kom därifrån.
Svarta lådorna i Storbritannien
Kroppar ligger troligen fortfarande kvar i sommarhettan på nedslagsplatsen, säger samtidigt Australiens premiärminister Tony Abbott och internationella utredare. De svarta lådorna från MH17 har anlänt till Storbritannien för analys.
Färre kroppar än utlovat fanns i de tågvagnar som förde offren från det malaysiska passagerarplanet MH17 till regeringskontrollerade staden Charkiv. Det säger nederländska experter som tagit emot vagnarna. Två tredjedelar av de närmare 300 passagerarna var nederländska medborgare,
Proryska separatister sade i måndags att det fanns kvarlevor av 282 människor i vagnarna, men de innehöll bara 200, enligt chefen för den nederländska delegationen, Jan Tuinder.
– Vi är säkra på att vi har 200 kroppar och kroppsdelar, det är allt jag vet, sade Tuinder till journalister.
Likdelar kvar
Kropparna förs till Nederländerna för identifiering och de första väntades landa i dag.
Internationella observatörer från den europeiska säkerhetsorganisationen OSSE sade i går att det fortfarande finns likdelar kvar på nedslagsplatsen. De har också noterat att vrakdelar har flyttats, sade OSSE:s talesman Michael Bociurkiw.
De två svarta lådorna har överlämnats till Nederländerna och kommer att skickas till Storbritannien för analys, säger Nederländernas regering.
Nederländerna har fått ansvaret att leda den internationella haveriutredningen som ska slå fast orsaken till flygkraschen. Den allmänna uppfattningen i väst är att planet sköts ner av proryska separatister.
Ett misstag
Nedskjutningen var troligen ett misstag, utfört av separatister utan erfarenhet av det avancerade vapensystem de hanterade. Den slutsatsen drar USA:s underrättelsetjänst.
Insamlat underrättelsematerial bekräftar att MH17 sköts ner av en robot av typen SA-11, avfyrad från rebellkontrollerat område, sade en amerikansk tjänsteman som uttalade sig för journalister mot löfte att inte namnges.
– Vi har alla sett misstag i det förflutna, sade källan.
Han nämnde Sovjetunionens nedskjutning av ett sydkoreanskt passagerarplan 1983 och USA:s nedskjutning av ett iranskt plan 1988.
USA säger sig inte ha några bevis för rysk inblandning i nedskjutningen, även om Washington anser det klarlagt att rysk militär har försett separatisterna med vapen och övning.
Separatist: Vi som sköt
En anonym person som uppges vara prorysk separatist berättar för den italienska tidningen Corriere della Serra att separatister skjutit ner planet av misstag.
Enligt honom ska befäl ha meddelat att ett ukrainskt militärplan skjutits ned och förbandet beordrats till platsen. Men när de kom dit väntade inga stridigheter, utan bland det första som mannen såg var en död flicka i femårsåldern.
– Det var då jag insåg att det var ett civilt plan. Inte ett militärt. Det var fruktansvärt, säger separatisten till tidningen.