Marseille tappade sin 1-0-ledning i den andra halvleken när Lilles Idrissa Gueye kvitterade. Åtta minuter senare laddade belgaren Michy Batshuayi och sköt in 2-1 till Marseille med en halvvolley på Florian Thauvins inlägg.
Matchen slutade 2-1 och Marseille leder ligan med tre poäng inför det två veckor långa uppehållet.
Senare under söndagen klättrade Lyon förbi regerande mästaren PSG upp på andra plats efter att ha krossat Bordeaux med 5-0.