Colombianen, som var tvåa på Tour de France förra året, var så slut över mållinjen att segergesten uteblev. En kilometer före mål hade han skakat av sig utmanaren Ryder Hesjedal, som vann Girot 2012.
Det var stora kommunikationsproblem under etappen, bland annat förklarade arrangörerna att loppet skulle ”neutraliseras” nedför Stelviopasset, vilket innebär att cyklisterna skulle åka lugnt i en stor klunga men det budskapet ändrades sedan.
– Jag förstår inte varför det blivit tjafs. Jag tog ju min tid uppför, nedför tjänade jag inte speciellt mycket, säger Quintana till Reuters.
Trea var Pierre Rolland som försökte gå med.
Högsta punkten i årets Giro
Dagens etapp nådde den högsta punkten i årets Giro'Italia, Stelviopasset insvept i snö och dimma på 2 757 meters höjd. Det var två toppar med klättringar på mellan 1 400 och 1 500 meter följt av målgången som kom efter en klättring på 1 200 meter. Som en jämförelse är stigningen upp för Åreskutan 800 meter.
Tidigare ledaren Rigoberto Uran kom in 4.11 efter sin colombianske landsman Quintana som haft problem med sjukdomar senaste tiden men som i dag visade imponerande styrka.
Quintana leder nu med 1.41 före Uran och har fördel av att flera tuffa bergsetapper återstår innan målet nås i Trieste på söndag.