Hemmalaget inledde bäst och efter 20 minuter kunde Edison Cavani nicka in 1-0 efter ett snyggt inlägg från vänsterkanten.
Men istället för att avgöra matchen kunde Lyon kvittera i den 84:e minuten efter svagt försvarsspel av PSG.
– Vi kan spela mycket bättre och vi borde avgjort matchen mycket tidigare, sa en märkbart besviken David Luiz till TV4.
Zlatan hade ingen av sina bättre dagar och fick lite bollar att jobba med. Trots bollinnehav skapade man lite. Lyon hade däremot ett par riktigt heta chanser och PSG räddades av Salvatore Sirigui i målet som gjorde ett par riktigt svettiga räddningar.
Jättebygget från Paris har endast två segrar på sex matcher och ligger tre poäng efter serieledaren Marseille.