Bara tre minuter in i matchen drog svensken tilll från straffområdslinjen. Returen damp ner hos Edinson Cavani som från nära håll kunde trycka in ledningsmålet.
Målet betyder att Cavani har nätat i PSG:s fem senaste ligamatcher.
Zlatan frispelade Matuidi
En bit in i den första halvleken fick Zlatan ostört vända upp och kunde med en fin djupledsboll servera en fri Blaise Matuidi. Den franska landslagsspelaren avslutade kyligt och utökade ledningen till 2-0.
PSG hade bud på mer men Rémy Riou i hemmamålet stod för en rad kvalificerade räddningar.
PSG återtog ligaledningen
I inledningen av den andra halvleken föll den svenska landslagskaptenen i straffområdet men ingen åtgärd från domaren.
Matchen slutade 2-0 efter en mållös andra halvlek och PSG tog sin fjärde seger mot Nantes den här säsongen.
Vinsten innebär att PSG återtar ligaledningen och med tre omgångar kvar att spela har man tre poäng ner till Lyon på andra plats.