Thomsen och klubben ska ha varit oeniga kring klubbens framtida strategi och ledarskap och därför har de valt att gå skilda vägar, skriver handbollskanalen.
– Det kom som en blixt från klar himmel. Det är ett ledningsbeslut, och vi är inte överens om klubbens värderingar och kultur, säger Thomsen till Ekstrabladet.
– Jag är själklart väldigt ledsen, och har gråtit.
Tidigare i år var Thomsen svenska handbollförbundets första val till förbundskapten (en roll hon tidigare haft), något som rann ut i sanden efter att hennes klubb Midtjylland inte ville att hon skulle ha två tränarroller samtidigt. Thomsen kom till Midtjylland 2012, som assisterande tränare och vann både ligan, cupen och EHF Cup Winners Cup när hon tog över som huvudtränare. Klubben nådde också semifinal i Champions League.
Förbundskaptensrollen till damlandslaget gick i april i stället till Henrik Signell. FC Midtjylland letar ny tränare, men andretränaren Kristian Kristensen tar över temporärt.