Johannes Johansson var kyrkomusiker, körpedagog och tonsättare. Han tillträdde sin tjänst som rektor 2006, dessförinnan arbetade han som prefekt på Musikhögskolan i Malmö.
Under sex år var Johannes Johansson president för de europeiska musikhögskolornas samarbetsorganisation AEC. Han var också ledamot av Kungl. Musikaliska Akademien och Honorary Member vid Royal College of Music och Guildhall School of Music and Drama i London.
Johannes Johansson ersätts tills vidare av professor Cecilia Rydinger Alin, som är prorektor tillsammans med professor Staffan Scheja.