Pia Enochsson tillsattes när myndigheten startades för snart fyra år sedan. Hennes förordnande går ut först om ett år, men hon väljer nu att lämna myndigheten med omedelbar verkan och anger själv att det är flera år av tung arbetsbörda som är orsaken.
Förra året visade en rapport från Statskontoret att myndigheten, som årligen fördelar en och en halv miljard till olika utbildningssamordnare, led av interna stridigheter kring hur jobbet skulle utföras.
Bakom sig lämnar Pia Enochsson en sprucken samverkan med facket, ifrågasatta siffror för utbildningarnas resultat och kritik i en färsk medarbetarundersökning.
Ställföreträdande generaldirektör blir tills vidare utbildningschefen på samma myndighet, Johan Blom.