Varslet gäller personal på tjänstemannasidan och berör 15 personer i Karlskrona och 30 i Malmö, vilket BLT var först att rapportera om.
Bakgrunden är ett effektiviseringsarbete på Saab Kockums som påbörjades i april.
– Målsättningen är att förbättra lönsamheten. Vi tillverkar ju ubåtar och har gått från en utvecklingsfas in i en produktionsfas och då behöver vi ställa om verksamheten, säger Charlotte Nilsson, pressekreterare på Saab, till SVT.
Under tisdagen kommer fackliga förhandlingar påbörjas.