Mårdhunden är en vanlig smittbärare av rabies och jagas därför hårt bland annat i Finland.

I Sverige har ännu inget rabiesfall inträffat, men på grund av spridningsrisken och för att djuret ej är önskvärt som vilt djur i landet, är jakt tillåten året runt. Om mårdhunden etablerar sig i Sverige, kan det även få svåra konsekvenser för småviltsfaunan, framförallt markhäckande fågel.

Mårdhunden kan vara bärare av den fruktade dvärgbandmasken, en parasit som hittills inte förekommer i Sverige.