Skeppsakademin har följts av ekonomiska problem under sina tre år i Gävle. Fårösunds Skeppsakademi AB och dess ägare som samtidigt är företagets vd och skolans rektor har genom åren fått närmare ett fyrtiotal betalningsanmärkningar för att man varit för sena med att betala räkningar. Just nu finns sju betalningsförelägganden på sammanlagt närmare 80 000 kronor hos Kronofogdemyndigheten.

Det här drabbar eleverna som inte fått virke, böcker och annat undervisningsmaterial i den utsträckning de behövt. Skeppsakademins ägare kör själv omkring i en stadsjeep för 350 000 kronor som leasas av skolan. Den har också ett 25-tal obetalda p-böter på sig.

Ett förslag på en flytt av Skeppsakademin till Oxelösund och byte till en annan huvudman för skolan presenterades nyligen helt överraskande för både lärarna, de 48 eleverna och deras föräldrar av ägaren. Men reaktionerna har varit negativa och nu finns intresse bland lärarna att ta över skolan men ekonomin är ett hinder. Och lärare och elever är kritiska mot skolverkets i deras tycke långsamma agerande i ärendet efter inspektionen 2004.