Bränderna inträffade strax efter klockan ett på måndagen.
I båda fallen rör det sig om mindre eldsvådor på toaletter, först på Klaraskolan på Sannarp, sedan på Furulundsskolan.
På Klaraskolan släcktes branden snabbt av skolans personal, uppger polisens presstalesperson Hans Lippens. Det krävdes ingen utrymning ur lokalerna.
På Furulundsskolan utlöstes däremot det automatiska brandlarmet på skolan, vilket gjorde att utrymning påbörjades.
Det har varit flera liknande bränder på skolor i Halmstad den senaste tiden.
SVT Nyheter Halland har varit i kontakt med Klaraskolans rektor Mikael Wendt.
Han vill inte kommentera måndagens händelse, men han ser ingen koppling till tidigare bränder.