Mannen häktades i slutet av oktober på sannolika skäl misstänkt för grov våldtäkt mot barn. På onsdagen väckte åklagaren åtal.
Övergreppen ska ha pågått från januari 2011, när flicka var fem år gammal, fram till juni i år. Hur många övergrepp som det rör sig om är oklart.
– Men det ska ha skett vid upprepade tillfällen under denna period, säger chefsåklagare Stefan Ekeroth till SVT Nyheter Jämtland.
Enligt åklagarens stämningsansökan rör det sig om vaginala, anala och orala samlag.
Visat särskilt råhet och hänsynslöshet
Brotten ska enligt åklagaren betraktas som grova eftersom mannen, med hänsyn till målsägandens låga ålder, visat särskild råhet.
Enligt åklagaren har mannen även visat särskild hänsynslöshet då han genom sitt handlande förorsakat flickan smärta samt upprepat missbrukat en beroendeställning.
Åklagaren säger till SVT Nyheter Jämtland att utredningen har stärkt misstankarna mot mannen. I sin stämningsansökan hänvisar han till förhör med flickan, men även ett flertal vittnesförhör, som bevisning mot mannen.
Den åtalade mannen nekar till samtliga anklagelser.