Staffan Ljungdahl lämnar även sitt uppdrag som ordinarie styrelseledamot.
Magnus Lundberg kommer att vara tillförordnad vd fram till årsstämman 28 juni.
Han har i omgångar jobbat inom bolaget sedan starten 2003, bland annat som inköpsansvarig.
Det är fjärde gången på kort tid som Snowolverine byter vd.
I april inledde ekobrottsmyndigheten en förundersökning mot bolaget. Den tidigare vd:n och grundaren är misstänkt för bokföringsbrott och bedrägeri.