SMHI gick ut med varningen på måndagskvällen men varningen fortsätter att gälla under hela tisdagen.
Medelvattenståndet kommer att vara 100 till 120 centimeter lägre än normalt. Lägre än 100 centimeter under det normala kan innebära problem att angöra vissa hamnar då det finns risk för grundstötning.
SMHI varnar också att det är absolut lägst nivåer i norr.