Larmet kom vid midnatt, rapporterar Sydsvenskan.
– Det är inte lagligt att gå i tunneln och på motorvägen, säger Lars Westerwill, vakthavande befäl vid Köpenhamnspolisen till tidningen.
De gripna fördes tillbaka till Danmark och nu ska polisen utreda deras identitet och om de har uppehållstillstånd i Danmark.
I samband med polisinsatsen fick tågen mellan Danmark och Sverige köra med reducerad hastighet.
– En lokförare på väg mot Sverige uppfattade att det var två personer på Pepparholmen när han kom ut ur tunneln. Han larmade dansk trafikledning som tog kontakt med polisen, säger Mats Olsson, verksamhetsjour vid Skånetrafiken.
– Man begärde ”siktfart”. Det betyder att man sänker hastigheten, säger Mats Olsson, Skånetrafiken.