Mannen, som är i 30-årsåldern, misstänks vara den som avlossade det dödande skottet och har anhållits misstänkt för mord, uppger danska nyhetsmedier. På sjukhuset i Malmö står han under svensk polisbevakning.
Enligt Köpenhamnspolisen har även två andra män anhållits misstänkta för skottdramat under vilket en 24-åring dödades och två andra personer skadades.
Omständigheterna kring skottlossningen var under eftermiddagen fortfarande oklara.
En man som av vittnen setts hålla i vapnet är fortfarande efterlyst.
Några fler uppgifter om den man som tagit sig till Malmö hade inte polisen under eftermiddagen.
Den 24-årige man som avled var antingen på väg in eller ut från bönen i moskén på Amerikavej.
Han var känd av polisen sedan tidigare, men enligt uppgift ska det inte finnas några kopplingar till Köpenhamns organiserade brottslighet.