Kritiken gäller även och slutförvaret av lågaktivt avfall vid Forsmark i Östhammars kommun.
Enligt myndigheten behövs enhetligare utredningsmetoder, bättre kompetens hos dem som utreder och att man följer upp de åtgärder som vidtas.
Under inspektionen visade det sig att en annan revision funnit att nästan hälften av avvikelserna inte hanterades inom utsatt tid.