Vraken, som upptäcktes vid dykningar i mitten av april, ligger sida vid sida i närheten av det flytande vandrarhemmet af Chapman.
– De är inte namngivna tyvärr, än så länge. När vi får dateringar finns chansen att man kan hitta deras identitet i olika arkiv, säger Jim Hansson, marinarkeolog på Sjöhistoriska museet, enligt ett pressmeddelande.
En sjöhistorisk stad
Förra sommaren hittade marinarkeologerna 15 vrak runt Kastellholmen och Skeppsholmen som gick att datera till 1500- och 1600-talen. Och de två vrak som nu hittats är troligen från samma tid.
– Allt pekar på att det är 1600-talsskepp eller äldre. De har samma konstruktion och samma typ av nedbrytning, säger Jim Hansson.
Enligt Sjöhistoriska museet så kompletterar de nya fynden bilden av Stockholm som en sjöhistorisk stad, där hamnar, skeppsbyggnad och örlogsfartyg varit en naturlig del av stadsbilden.
Vilken typ av skepp de två nyupptäckterna är ännu oklart.