Olyckan inträffade i höjd med Lötens idrottsplats, strax norr om centrala Uppsala.
Tågtrafiken är helt stoppad, uppgav polisen vid 14.30-tiden.
Polisen misstänker inget brott i samband med händelsen.
Enligt Trafikverket ska tågen rulla som vanligt igen vid 15.30-tiden.
– Då är tanken att stoppet ska hävas, enligt dem som arbetar på olycksplatsen, säger Sofia Lindahl, presstalesperson.