Händelsen, som NWT var först att skriva om, uppdagades i fredags eftermiddag när en lärare hittade narkotika på en skoltoalett precis efter att en elev gått ut därifrån.
Läraren larmade rektor som i sin tur kontaktade polis.
Eleven misstänks ha haft för avsikt att sälja narkotikan till andra elever uppger skolledningen.
Eleven är nu avstängd och skolan för samtal med socialtjänst och vårdnadshavare för att upprätta en plan för hur eleven ska kunna komma tillbaka.