Efter beslutet är två enheter som nu stängs ner, en med årskurserna F-3 och en med 4-9.
-I svensk skola ska vi inte acceptera extremism, radikalisering, religiös påverkan eller brister i kunskapsuppdraget, säger hon till TT.
Har fått upprepad kritik
Vetenskapsskolan har varit verksam i ett antal år och trots upprepad kritik är det först nu tillståndet dras in. Ministern tillstår att reglerna för friskolor inte varit tillräckligt tuffa.
-Också jag har varit kritisk till att reglerna för vilka som får starta friskola i Sverige varit för slappa. Därför är jag glad att regeringen tog initiativ till en lagskärpning, säger Anna Ekström och syftar på den ägar- och ledningsprövning som Skolinspektionen gör från och med i år.
Utbildningsministern vill se lagskärpning
Ytterligare lagskärpningar kan komma.
-Jag är inte främmande för att skärpa lagstiftningen ytterligare om det skulle behövas. Vi tillsatte nyligen en ny utredning som ska se över hur Skolinspektionen ska kunna få tuffare regler vid stora och återkommande brister i en skola, säger Ekström.
Hon påpekar att det snart också kommer ett utredningsförslag om skärpta regler för konfessionella friskolor. Men vad gäller Vetenskapsskolan har den aldrig varit registrerad som konfessionell.
-Där kan man fundera över hur regelverket sett ut tidigare, säger Anna Ekström.
I utredningsförslaget ska utredaren också peka på möjligheterna till ett förbud mot nya konfessionella friskolor, alltså ett etableringsstopp.