Avfärden bevakades av Kustbevakningen och polis.
Greenpeace vill placera ut stenblocken som en bevarandeåtgärd för att förhindra bottentrålning av havskräfta och torsk i området och enligt länsstyrelsen behövs inte något tillstånd för aktionen.
Områdena ingår i Natura 2000, ett nätverk av värdefulla naturområden inom EU. Greenpeace lade ut 38 stenarna som vägde mellan 500 kilo och tre ton.
I helgen har jordbruksminister Eskil Erlandsson uttryckt sin oro över att stendumpningen kan hota den överenskommelse som gjorts mellan Sverige och Danmark om totalt fiskeförbud i delar av Kattegatt.
Också Fiskeriverket fördömer nu också tilltaget.
Om Greenpeace verkligen vill rädda torsken i Västerhavet ska de avstå från att dumpa sten vid Lilla Middlegrund menar Fiskeriverkets generaldirektör Axel Wenblad.
– Jag kan inte se att Greenpeace agerande i den här frågan styrs av omsorg om torskbestånden utan enbart av kampanjstrategiska skäl, säger Axel Wenblad i ett pressmeddelande.