En kommission kommer nu att designa en ny flagga som invånarna får rösta om i november.
För många amerikaner är sydstatsflaggan en symbol för syds kamp mot nordstaterna och mot överstatlig inblandning. På senare år har den också blivit en symbol för rasism och segregation.
Mississippi är den enda amerikanska delstaten som ännu har kvar sydstatsflaggan i sin officiella flagga. År 2001 röstade invånarna med stor marginal ner ett förslag om ny flagga.
Varuhuskedjan Walmart gick tidigare i veckan ut med att bolaget ska sluta sälja varor med sydstatsflaggan, rapporterar Reuters.