Djuren låg gömda i resväskor och tros ha varit tänkta att smugglas till Kina och Singapore där de säljs på marknader som exotiska husdjur och ibland hamnar i kastruller.
5.400 sköldpaddor hittades i sju resväskor i provinsen Papua tidigare i veckan och ytterligare 2.968 djur hittades i fyra resväskor på huvudstaden Jakartas flygplats i dag.
De ska nu återföras till boplatsen.