Delar av Nagano står under vatten sedan floden Chikuma svämmat över, och ett fraktfartyg har sjunkit i Tokyobukten.
Tyfonen Hagibis har nu passerat Japan, och drar vidare över Stilla havet.
Ytterligare skyfall väntas i de drabbade områdena och myndigheterna har varnat för fler översvämningar och ras.
Flera räddningsinsatser pågår i de delar av landet som drabbats av skred och översvämningar efter tyfonens framfart.