Gottfridsson, som förra året utsågs till världens bästa handbollsspelare, fastnade troligtvis med pekfingret i en motståndares tröja och fick en fraktur i handen.
Sverige lyckades vinna ändå, främst tack vare ett ryck i slutet av första halvlek när laget gjorde sex raka mål.
I semifinalen, som spelas på fredagen, väntar Frankrike.