Larmet kom till polisen strax innan klockan två i natt om en misstänkt skottskadad person.
Polisen har inlett en förundersökning om misstänkt mord- eller dråpförsök.
När färjan kom fram till Stockholm på morgonen gjorde polisens tekniker undersökningar. Ett antal förhör har också hållits, meddelar polisen.
Två personer har hämtats till förhör, men de är i nuläget inte misstänkta för brott, berättar Åsa Wallentin vid polisen. Hon vill inte uttala sig om läget för den skottskadade personen.