Den slutna diktaturen avfyrade roboten på söndagen, bara en vecka efter den senaste uppskjutningen.
Enligt Sydkorea flög roboten 50 mil och avfyrades från Pukchang i närheten av Nordkoreas huvudstad Pyongyang.
Enligt Japan landade roboten utanför landets ekonomiska zon. Den har inte orsakat materiella skador. Japan kallar uppskjutningen ett oacceptabelt brott mot FN:s resolutioner.