Spårfelet uppstod mellan Flemingsberg och Södertälje syd vid 04.00-tiden på måndagsmorgonen. En trasiga växel måste bytas ut och det arbetet ska påbörjas natten mot tisdagen.
Fram till dess trafikeras bara ett av två spår.
– Det kommer ta fem timmar att laga den trasiga växeln, och under tiden måste vi stänga båda spåren, säger Ulrika Karlsson på Trafikverkets pressjour.
Pendeltågen påverkas
Störningarna gör att vissa tåg istället kommer ledas om på pendeltågsspåren, via Södertälje hamns station.
– Det här kommer naturligtvis få följdförseningar för pendeltågstrafiken, säger Ulrika Karlsson.
Felet beräknas vara åtgärdat tisdag 22 oktober klockan 05.00.