Felsökning pågår men vi har ingen prognos, säger Pär Aronsson vid Trafikverket.
Även hemsidan ligger nere, vilket innebär att resenärer inte kan få information om de förseningar som uppstår.
Morgontrafiken i hela Sverige påverkas av störningarna.
– Ja, när morgontrafiken nu börjar komma igång så blir det förseningar. Men det är inte helt stopp. Man får iväg en del tåg, säger Pär Aronsson, presskommunikatör vid Trafikverket.
Använder Facebook för att sprida information
På Trafikverkets Facebooksida skriver man också att felsökning pågår.
Jag vet att man lagt ut uppdateringar på Trafikverkets Facebook, så den kan man följa för att få information, säger Pär Aronsson.
Problemen innebär att Trafikverket inte heller kan sända mail för att uppdatera information om eventuella tågstörningar som kan bli en följd av IT-problemen.
Misstänker ni att ert IT-system utsatts för sabotage?
– Jag kan inte spekulera i det. Just nu felsöker vi, säger Pär Aronsson.