Det var redan i den andra matchminuten som mittfältaren lyckades nicka bollen i eget mål när han skulle rensa efter en hörna.
Trots att både Messi och Neymar byttes in efter paus, lyckades ett offervilligt Real Sociedad med storspelande målvakten Geronimo Rulli stå emot den massiva pressen.
– Bollen ville inte gå in, säger Xavi Hernandez om matchen.
– Vi missade chansen att gå upp i topp, men vi måste se framåt.
Helgens stora vinnare i den spanska ligan blev i stället Atlético Madrid, som vann mot Levante igår. Tabelltoppen har nu tätats till rejält, med Real på 39 poäng och Barcelona och Atlético på 38.
En annan stor segrare var förstås Real Sociedad som tog en tung skalp och tre viktiga poäng i bottenstriden. Laget klättrade i och med segern från plats 16 i tabellen till 13:e plats. Det var Sociedads blott andra ligaseger sedan tränaren David Moyes tog över.
Barcelonas tränare Luis Enrique motiverade beslutet att inte spela med Messi och Neymar från start med deras långa resa efter julledigheten i Argentina och Brasilien – ett beslut som lär ge upphov till kritik.
Barcelona tar härnäst emot Atlético.