I slutminuten av ordinarie tid dubbelräddade Evertons målvakt Jordan Pickford först Juan Matas friläge och sedan, ännu vassare, när inbytte Odion Ighalo sköt ett närskott som klarades med en benparad.
I anfallet efter noterades Harry Maguire för ett självmål men räddades av VAR eftersom Gylfi Sigurdsson satt ner i bollbanan och drog undan benen så att det skulle bli mål. Det var stora burop på Goodison Park när slutsignalen blåstes. Evertons tränare Carlo Ancelotti åkte på ett rött kort efter att ha framfört sina synpunkter till domarna efteråt.
– Jag bad honom att förklara beslutet och så fick jag ett rött kort. Jag behåller för mig själv vad jag sa till honom, säger Ancelotti enligt BBC.
Redan efter tre minuter bjöd Man Uniteds målvakt David De Gea Everton på det första målet. Han skulle skjuta ut bollen från eget straffområde men blixtsnabbt rusade Dominic Calvert-Lewin fram och slängde fram ett ben och fick bollen turligt i mål.
Gomes gjorde comeback efter skräckskadan
United kom igen och Bruno Fernandes sköt kvitteringen 1-1 med ett skott utifrån efter en dryg halvtimme.
Evertons André Gomes gjorde comeback efter den svåra fotskadan mot Tottenham förra året och byttes ut till stående ovationer med tio minuter kvar. Victor Nilsson Lindelöf spelade hela matchen.
United är femma i tabellen och jagar topp fyra för att nå Champions League nästa säsong. Fyran Chelsea är tre poäng före.