Degenkolb jobbade sig fram till täten och höll undan för Nacer Bouhanni som försökte ta sig förbi på insidan vid kravallstaketet men inte kom fram.
Bouhanni slog uppgivet med handen och det dröjde innan arrangörerna gick ut med den officiella resultatlistan.
I morgon väntar en krävande bergsetapp som kan ge stora omkastningar totalt. I dag blev det inga förändringar i täten utan Michael Matthews leder 13 sekunder före Nairo Quintana.