Svenskan satte handen i kaklet efter 1,11.47, fem sekunder före ryska tvåan Luliia Shishova.
– Jag är bara jätteglad, det känns väldigt stort och jättekul, säger Ekström till SVT Sport.
Ekström slog världsrekordet med drygt en sekund. Xia Jiangbo, Kina, var den som tidigare hade simmat det snabbaste loppet någonsin på distansen.
50 meter bröstsim är ingen Paralympics-distans, men det finns andra som Ekström har som favoriter i Paralympics.
– Det finns ju 50 meter ryggsim och 50 meter frisim som går i Paralympics och där är det lite tuffare konkurrens, men jag hoppas så klart på att få vara med där, säger hon.
Det här var Sveriges åttonde medalj och tredje guld i EM i hollländska Eindhoven. Även Maja Reichard och Karl Forsman har vunnit guld i mästerskapet.