Hemmalaget dominerade och pressade holländskorna, som ofta tvingades försvara sig med hela laget framför målvakten Loes Guerts.
Men i den 69:e minuten feltajmade Guerts ett inlägg och AIK:s Laura Kalmari kunde nickskarva in 2-1.
Strax dessförinnan var Hollands hypersnabba Malmöspelare Manon Melis ytterst nära att göra mål.