Kroatiske förbundskaptenen Niko Kovac och anfallaren Ivica Olic besökte bland annat de drabbade områdena kring Zupanja där mer än 15 000 människor tvingats att fly.
– Om vi kämpar i Brasilien under VM som människorna gjort här så kommer vi att göra bra ifrån oss, sade Niko Kovac, märkbart rörd.
Landslaget som är på träningsläger i Österrike har även beslutat att intäkter från biljettförsäljningen till träningsmatchen mot Mali den 31 maj ska gå till en fond för de drabbade.