31-åringen opererade axeln på ett sjukhus nära sin schweiziska hemstad Ronca sopra Ascona och drog på sig infektioner, som kan vara potentiellt dödliga. Tillbaka i Sydney togs han in på intensiven för att få behandling.
– Det är allvarligt men inte livshotande, säger agenten James Erskine och berättar att Thorpe genomgått två eller tre operationer de senaste två månaderna.
Agenten förnekar samtidigt uppgifter om att Thorpe skulle riskera att bli förlamad i ena armen som en följd av infektionen.
Thorpe har fått ta emot flera besök på sjukhuset och befinner vid förhållandevis gott mod. Thorpe hade sin storhetsperiod 2000-2004 då han tog samtliga nio OS-medaljerna, varav fem i guld.
Han gjorde ett misslyckat comebackförsök i samband med OS i London 2012. Och enligt agenten kommer inget mer comebackförsök.
– Ur en tävlingsaspekt kommer han aldrig mer att kunna tävla igen, tror jag, säger Erskine.
Thorpe har även lidit av depression och haft problem med alkohol. I början av året påträffades han desorienterad nära sina föräldrars hem i Sydney.