Colombianen Radamel Falcao gjorde målet i 84:e minuten, men ryssarna hade med sig 2-0 från bortamatchen i Spanien.
Engelska Tottenham var också nästan ut ur cupen, men räddades av colombianen Moussa Dembélé som tryckte till in kvitteringen med en stenhård vänster i 90:e minuten mot Lyon. Det betydde 1-1 och avancemang med sammanlagt 3-2 för Tottenham som möter Inter i åttondelsfinalen.
Liverpool ute trots 3-1
För Liverpool blev det stopp mot Zenit St Petersburg trots seger med 3-1 hemma. Ryssarnas 2-0 från hemmaplan räckte.
Pressat Chelsea vidare
Även Chelsea var pressat i sin hemmamatch mot Sparta Prag. Tjeckerna ledde med 1-0 på och var på väg mot förlängning när Eden Hazard fick kalasträff på tilläggstid. 2-1 till Chelsea totalt och avancemang.