Messi stukade foten och fick hjälpas av planen efteråt. Men han ska enligt de första rapporterna inte vara särskilt illa skadad.
Zlatan sköt kort efter Messis mål ett stenhårt skott, som Shovkovskiy lyckades rädda i iskylan.
-Det var en viktig seger och alla spelare gav allt de hade. Det var viktigt för oss att få vinna gruppen. Mentalt sett var det en tuff match. Det var svårt att komma hit och spela på deras hemmaplan, säger Barcelonas tränare Josep Guardiola.
Efter Kievs drömstart, då Artem Milevskiy gjorde 1-0 sedan målvakten Victor Valdés först räddat bollen men sedan tappat in den i mål, tog Barcelona över matchen.
Xavi Hernandez kvitterade rättvist till 1-1 efter en dryg halvtimmes spel.
Zlatan var inblandad i förarbetet till målet.
Bollen hamnade hos Eric Abidal, som hittade fram till en framrusande Xavi, som kunde peta in bollen från nära håll.
Kiev är i och med segern borta från slutspel. Ukrainarna hade behövt vinna för att ha chans på avancemang.
Anna Blomqvist