Det var i samband i VM-kvalmatchen mot Chile förra veckan, där Messi blev matchhjälte som enda målskytt på straff, som han anklagades för att ha förolämpat en assisterande domare.
Nu stängs han av fyra matcher i VM-kvalet, uppger nyhetsbyrån AP.
– Det här beslutet är i linje med disciplinkommitténs tidigare beslut i liknande ärenden, skriver Fifa på sin hemsida.
Tillbaka till sista VM-kvalmatchen
Det innebär att 29-åringen missar mötena med Bolivia i kväll och sedan Uruguay, Venezuela och Peru i höst. Han hinner dock spela den sista gruppmatchen mot Ecuador som är den 10:e oktober.
Argentina är just nu trea i VM-kvalet, åtta poäng efter Brasilien som toppar gruppen.