Under årets säsong har Isak startat i en cupmatch och gjort tre korta inhopp i Champions League och Bundesliga.
Nu fick 18-åringen chansen från start, spelade 68 minuter och hade en stolpträff i slutet av första halvlek.
Isak skrev på för den tyska klubben för drygt ett år sedan.
Oscar Wendts Mönchengladbach förlorade med 1–2 borta mot Köln. Hemmalagets Simon Terodde avgjorde på tilläggstid.
Bayern München toppar tabellen på 44 poäng före Leipzig (31), Schalke (30) och Dortmund (29).