– Det var inget lätt beslut för oss. Det var inte bara de senaste intrycken från matchen mot Stuttgart, men också att vårt lag har stannat i utvecklingen, lagbygget som inleddes i sommar, säger vd:n Wolfgang Hotze till klubbens hemsida.
Wolfsburg rensar rejält i leden och plockar även bort assisterande tränaren Uwe Speidel och spelanalytikern Jan van Loon.
Jonker och Ljungberg tillträdde i Wolfsburg i februari, och fick därmed mindre än åtta månader i klubben.
Ny tränare klar
Jonker ersätts av Martin Schmidt, som så sent som i maj fick sparken från Bundesligaklubben Mainz sedan laget med nöd och näppe undvikit kvalstrecket.
Wolfsburg har två matcher den här veckan, redan på tisdagskvällen mot Bremen och på fredag mot Bayern München.