Efter en dryg timme slet sig U21-EM-petade Erdal Rakip loss från tuff uppvaktning och lobbade över den utrusande målvakten Anton Cajtoft och gjorde 2-1-målet.
– Det var lite kamp och så en chipp. Det är fantastiskt att leda efter vårsäsongen, säger Rakip som var diplomatisk om att inte få vara med och försvara U21-guldet.
– Det är Håkan (Ericson) som tar ut laget och det är inte så mycket att säga om. Jag får kämpa på i Malmö, säger Rakip.
Malmö höll på att straffas i andra halvlek
Malmö skapade mängder med chanser i men hade bara 1-0 med sig efter Anders Christiansens kanon första halvlek men straffades när Södra kvitterade till 1-1 i början av andra.
Dzenis Kozica fick på en praktträff rätt upp i högra krysset och ville ta hela Stadsparksvallen i sin famn efteråt.
I slutet hade Markus Rosenberg ett tungt stolpskott. MFF:s Pawel Cibicki brände flera fina chanser mot ex-laget när han var tillbaka.