Efter 0-0 i första mötet i Spanien behövde Manchester United vinna i returmötet på Old Trafford i kväll.
Därför höjde vissa fans på ögonbrynen när Mourinho valde att starta både Nemanja Matic och Marouane Fellaini centralt på mittfältet.
Och hemmalaget hade svårt att skapa målchanser i matchen. Med 0-0 i halvtid stod det klart att det skulle bli en rysare.
Jesse Lingard skapade en av få farliga målchanser för United när han tvingade Sevilla-målvakten Sevilla Rico att sträcka ut rejält för att styra ut bollen utanför stolpen med en jätteräddning.
Inhoppande Sevilla-hjälte
Med kvarten var att spela kom i stället en kalldusch för hemmalaget.
Pablo Sarabia spelade in inbytte Wissam Ben Yedder i Uniteds straffområde och Sevilla-anfallaren vände bort Eric Bailly innan han prickade in 1-0.
I det läget behövde United göra två mål för att vända på dubbelmötet – men det skulle bli värre.
Ben Yedder fulländade sitt succéinhopp med att nicka in en andraboll på hörna till 2-0 och uppförsbacken blev för brant för United.
Romelu Lukaku reducerade till 1-2 på hörna men närmare än så kom inte United och det blir i stället Sevilla som avancerar till kvartsfinal.
– Vi har inte tid för drama. Vi har match på lördag igen. Vi har inte tid att vara ledsna mer än 24 timmar. Det är fotboll, det är inte världens undergång, säger José Mourinho.
Victor Lindelöf satt på bänken hela matchen då Chris Smalling fick spela bredvid Bailly i stället.