Rubiales står anklagad för sexuellt ofredande.
Rubiales kysste spelaren Jennifer Hemoso på munnen under prisutdelningen i VM-finalen utan hennes samtycke, vilket enligt nyreviderad spansk lag kan ses som sexuellt ofredande.
Straffet för en påtvingad kyss kan vara allt från böter till fyra års fängelse.
Rubiales är redan avstängd av Fifa, ett straff på 90 dagar, och men vägrade i det längsta att avgå trots att 81 spelare inlett en bojkott av landslaget, elva landslagsledare hoppat av och hans eget förbund krävde hans avgång efter uppträdandet i finalen i Sydney 20 augusti.
Först i söndags meddelade Rubiales, som även är vice ordförande i Uefa bredvid svensken Karl-Erik Nilsson, sin avgång.
– Jag kommer avgå, för jag kan inte fortsätta mitt arbete, sade han och berättade att han tagit beslutet tillsammans med sin familj.
Detta har hänt i spanska kysskandalen:
