Matchen startade trögt från bägge håll, men i den 32:a minuten fick Kroatien en hörna som efter många studsar ledde till mål.
Modric slog hörnan som Ante Rebic skarvade vidare till Mario Mandzukic som nickade på Etebo.
Inget av lagen noterades för ett skott på mål i den första halvleken.
I början av andra halvlek var Nigeria hyfsat nära att kvittera på hörna, men nicken gick utanför.
Istället blev det Kroatien som gjorde 2-0. William Ekong drog ner Mario Mandzukic i straffområdet och fick gult kort. Sedan förvaltade Modric straffsparken stensäkert. Målet var den kroatiska superstjärnans första i ett VM-slutspel.
Det blev alltså Kroatien som tog hem trepoängaren då de bägge lagen möttes för första gången i historien. Nu är uppförsbacken tuff för Nigeria. De har en seger på de tretton senaste VM-matcher och Island och Argentina väntar.
